Ordet allergi kommer fra gresk; allos = forandret og ergos = reaksjon. Allergi betyr således en forandring i kroppens reaksjonsmåte på noe som i utgangspunktet er naturlige og “ufarlige” stoffer i våre omgivelser.

Allergi kan oppstå som utslett på huden, kløe, hevelser i slimhinnene, diaré eller annet. Det dannes antistoffer som blir fordelt i kroppen gjennom blodet. Det gjør at den allergiske reaksjonen kan oppstå på et helt annet sted enn der allergenet kom i kontakt med kroppen i utgangspunktet. Slik kan en person få hevelse på leppene og rødfarget hud i ansiktet etter bare å ha berørt et allergiutløsende næringsmiddel med hånden. I TFT-behandling er det ikke uvanlig at det kan komme allergiske reaksjoner bare ved tanken på å være i kontakt med det en er allergisk mot. 

Mye tyder på at allergier ofte har en direkte sammenheng med ubalanse i det autonome nervesystemet. Ved for mye sympatisk aktivitet (spenninger) reagerer kroppen ofte med allergiske reaksjoner. TFT brukes ofte ved spenninger. Når disse reduseres er det svært ofte at de allergiske reaksjonene reduseres eller forsvinner. Allergier kan også utløses av sterke følelsesmessige sjokk eller langvarige psykologiske belastninger. Ofte kan den allergiske reaksjonen opphører i samme øyeblikk som følelsene knyttet til den/de traumatiske situasjonene slipper taket.